El Monasterio de San Juan de los Reyes tiene se entrada por la parte posterior y lo primero que vemos es el claustro bajo, nos parece que estemos ante el de los Jerónimos de Lisboa, salvando las distancias y quitando los cordeles.

El Claustro bajo está pensado como continuación del templo, por lo que no es de extrañar que coincidan bóvedas, ventanales y profusión de esculturas. La composición rítmica y repetitiva de los motivos compite con una desconcertante riqueza decorativa de la naturaleza, a la que evoca con gran sentido realista, más la ornamentación no repetida de sus archivoltas, consigue un efecto tal de luces y sombras, propio del gótico, que realmente nos impresiona.

La escalera nos conduce al Claustro alto es típicamente española, Fernando Marías la adjudica a Egas, dada la semejanza que tiene con la escalera del Hospital del Cardenal Mendoza en Toledo y otras en la geografía española. En cuanto a la ornamentación, todos los autores la atribuyen a Alonso de Covarrubias, a quien estaban encomendadas entonces las obras del Alcázar. Su estilo es plateresco, con una cúpula rebajada, dividida en fajas y casetones que ostentan florones tallados en piedra, cuyos recuadros van disminuyendo conforme se acercan en la perspectiva al rosetón que sirve de clave.

Una puerta nos conduce a la iglesia donde destaca el retablo del presbiterio, el original desapareció víctima de la guerra napoleónica. El actual proviene, desde el siglo pasado, del Hospital de Santa Cruz de Toledo, fundado por don Pedro González de Mendoza, Cardenal de la Santa Cruz de Jerusalén.

Los muros interiores del transepto se presenta la más exuberante decoración del templo a base de potentes y grandiosos motivos heráldicos entre los que destacan los repetidos escudos de los Reyes Católicos (anteriores a la toma del Reino de Granada), acogidos por águilas nimbadas de San Juan más parejas de leones a los pies. No podían faltar los símbolos eternos del yugo y las flechas.

San Juan de los Reyes se convierte en un edificio de gran valor simbólico para Isabel y Fernando que lo eligen inicialmente como panteón regio, aunque finalmente fueron enterrados en Granada.