Las capillas que se disponen a ambos lados de las naves laterales están patrocinadas por las cofradías con sede en la iglesia y entre ellas —que son nueve en total— se intercalan altares neobarrocos, hornacinas, dedicados a diferentes devociones. Entre las imágenes de las hornacinas figuran la de san Juan Evangelista, la de san Antonio de Padua, flanqueada a la izquierda por una estatuilla del apóstol Santiago el Mayor y a la derecha, por una de santa Gema. Hay también estatuillas del Sagrado Corazón de Jesús y del Buen Pastor, entre otras; además, la Asociación de Paraguayos en Málaga donó una réplica de la Virgen de Caacupé, que fue entronizada en la iglesia el 4 de diciembre de 2016.