La capilla mayor —de planta rectangular con bóveda vaída en la que se inserta una bóveda semiesférica con medallón central de líneas vegetales— es obra de principios del siglo XIX y fue restaurada en 1962. Está presidida por el Cristo de la Vera Cruz (último tercio del siglo XVI), titular de las Reales Cofradías Fusionadas, que junto con la Archicofradía de los Dolores de San Juan tienen cobijo permanente en la iglesia. Sobre el Cristo está la figura de san Juan Bautista.

El púlpito, de mármol rojo jaspeado, está ubicado en la parte izquierda del presbiterio; es del siglo XVIII y tiene 2,5 metros de altura. A la izquierda del altar mayor, presidiendo la nave del Evangelio hay un cuadro de Nuestra Señora del Perpetuo Socorro y a la izquierda de este, abajo, hay una puerta que conduce, por unos peldaños, a la sacristía.