La capilla de San Juan tiene una bóveda ojival iluminada por tres ventanas con un mainel central. Esta decorada con frescos pintados por Matteo Giovannetti entre 1346 y 1348, se pintan temas sobre las vidas de los dos san Juan: Juan Evangelista, fue el primero de los apóstoles depositario de la palabra de Cristo, se representa en las paredes Sur y Oeste; o la figura de Juan Bautista, fue precursor del Mesías y se representa en las paredes Norte y Este.