La gran iglesia de San Juan Bautista de Gouda esta considerada como la iglesia más grande de Holanda con una longitud de 123 metros. Su fama viene por las vidrieras emplomadas del XVI toda una obra maestra siendo conocidas con el nombre: “las vidrieras de Gouda”.

La iglesia sufrió tres incendios, dos de ellas a causa del fuego que destruyo gran parte de la ciudad, en 1361 y 1438, y la tercera vez en enero de 1552, al caer un rayo sobre la torre, resultando totalmente destruido el interior. Después se reconstruyó en la forma que aún se conserva hoy en día. Entre 1555 y 1571 varios benefactores católicos españoles, como Felipe II y Margarita de Parma, donaron a la iglesia varias vidrieras.

La iglesia se construyó originalmente con forma de basílica en cruz como corresponde al estándar de la iglesia católica, y se dedico a la veneración del patrón de la ciudad “San Juan Bautista”. La historia detalla da en la Biblia se cuenta a través de las vidrieras situadas en la cabecera (nos. 9 al 19). San Juan Bautista fue el que señaló a Jesús con las palabras: "¡He aquí el Cordero de Dios que quita el pecado del mundo!". Las vidrieras más importantes fueron realizadas por los maestros hermanos Dirck y Wouter Crebeth.

En 1572, se realizo la reforma eclesiástica que también protagonizo la ciudad de Gouda, se quitaron todas las estatuas y altares, algunas de ellas estaban decoradas con pinturas y la iglesia paso a tener un uso religioso de la religión calvinista. Las vidrieras no fueron dañadas por los iconoclastas y los saqueadores, sino que, al contrario, fueron consideradas como una gran obra de arte y conservadas. Incluso patrones protestantes, como los concejales de Roterdam o Guillermo de Orange, continuaron donando vidrieras hasta 1603. Las vidrieras también sufrieron daños durante la invasión de la Revolución francesa y durante la Segunda Guerra Mundial, fueron prudentemente desmontadas y guardadas en un lugar seguro.

La actual iglesia se encuentra bajo la custodia de la comunidad reformada de Gouda. Las misas se celebran principalmente los domingos con dos servicios religiosos, a las diez de la mañana y a las cinco de la tarde. El altar mayor dedicado durante el periodo católico estaba situado en el antiguo coro, ahora está más acondicionado para servicios íntimos, como los matrimonios. El sermón se ha dado la vuelta celebrándose desde la puerta de la torre campanario.

No hay vestigios documentales para saber cuando comenzaron los enterramientos en la iglesia de San Juan. En el libro sepulcral, el enterramiento más antiguo data de la segunda mitad del siglo XV. El 14 de octubre de 1482 el ayuntamiento concedió el derecho de enterrar allí para siempre a los magistrados de San Juan. La venta y alquiler de sepulturas, que también se realizaba en los alrededores de la iglesia, fue una importante fuente de financiación durante siglos, aunque tras la Revolución Francesa se quitaron los escudos familiares de las losas y los numerosos letreros sepulcrales. Los ciudadanos más ricos se enterraban en la cámara sepulcral, mientras que los más pobres lo hacían a cargo del Ayuntamiento en el cementerio, el "jardín de Willem Vroesen", detrás de la iglesia. En 1795 se prohibieron los enterramientos en las iglesias, aunque en Gouda el último se realizó en 1832.