Con la gran reforma realizada en 1593, se definió la arquitectura definitiva con forma de cruz, mientras que la nave y el coro, así como la nave transversal (el crucero), sobresale por encima del lado del pasillo. Se incorpora una doble fila transversal en la nave del transepto. Esto permite una mayor iluminación natural creando un espacio maravilloso y un gran efecto de luz. La iglesia no se cubre con bóvedas de piedra como venia siendo natural en el arte gótico, el suelo es de turba y no podía resistir grandes pesos, por ello se sustituye por una bóveda de cañón en madera

La iglesia de San Juan es alargada y representa el estilo arquitectónico que refleja una austeridad de estilo gótico libre holandés. Carece de la fuerza de los arcos ojivales principalmente por la falta de espacio. Aparte de su efecto práctico, también tiene una gran influencia del nuevo estilo precursor que venia de Italia como era el Renacimiento, son notables en la reconstrucción de la iglesia y en las ventanas con el siglo XVI donde se colocan las antiguas vidrieras.

El magnífico órgano principal fue construido entre 1732 y 1736 por el constructor de órganos Jacob François Moreau de Rotterdam. Durante el periodo de abril a septiembre se realizan conciertos semanales de órgano a cargo de asociaciones y coros de oratorio y famosos organistas holandeses y extranjeros. El órgano tiene 3.856 tubos repartidos en 53 voces, 60 registros, 3 manuales y un pedal libre. Es uno de los órganos más famosos de del período barroco de los Países Bajos, junto con los de Alkmaar, Amsterdam, Haarlem y Zwolle. Los jueves y sábados, días de mercado, pueden oírse durante los conciertos ofrecidos esos días las campanas del carrillón de Petrus Hemony, de 1676. Tiene 49 campanas y emite además una melodía automática cada cuarto de hora, aunque durante los conciertos lo toca el carrillón municipal.

El órgano del coro fue construido recientemente en 1975 por la compañía de la ciudad de Apeldoorn por Leeflang-Keyzer. Tiene 15 voces, con más de mil tubos, dos de ellas manuales y un pedal. Se utiliza para acompañar el canto de la comunidad durante los servicios religiosos.

En la actual torre de la iglesia se encuentra uno de los carillones más famosos de los fundidores de campanas, construido por los hermanos Hemony en el siglo XVII. En la actualidad tienes 49 campanas, muchas de ellas fueron fundidas por Petrus Hemony en el año 1676. Los jueves y sábados (aprovechando los días de mercado) se toca el carrón municipal- También es sonoro el carrillón automático que emite una melodía cada cuarto de hora.