La catedral fue construida en lo que fue un templo romano, y , posteriormente, una basílica paleocristiana. Posteriormente se construyo la mezquita de la ciudad durante la ocupación árabe.

La primitiva Catedral de Ceuta -también desapareció- se construyó en 1420 y se consagró como sede del episcopado en 1432.

La Iglesia Catedral actual obedece a la remodelación total efectuada en el siglo XVII durante el asedio marroquí a la ciudad de Ceuta que dura nada menos que treinta años, obligó a ser usada como hospital de sangre, de tal modo que, hasta 1724, no pudo consagrarse como sede.

La portada es de estilo neoclásico de mármol negro, en el interior, la planta esta dividida en tres naves que desembocan en una gran girola. Dispone de gran luminosidad debido a su gran cúpula de linterna con los frescos donde se representa a los apóstoles.

Dentro de las obras de arte de la iglesia, la estrella es la imagen de la Virgen del Vallo o también llamada ‹‹Virgen Conquistadora››, llego a Ceuta de la mano de los portugueses que la desembarcaron en la nave capitanía en 1415.

La ultima reforma se produce entre 1949 y 1958 donde se produce la adaptación que podemos contemplar en la actualidad.