Los primeros datos sobre los orígenes de la Catedral se remontan al siglo IX cuando fue levantada la ermita precursora al actual edificio, en su primer momento la ermita se dedicada a la veneración de San Miguel, posteriormente fueron llevados los restos de Santa Gúdula. Sobre los restos de esta ermita se levanto una pequeña iglesia de estilo románico que aún en diferentes lugares se aprecia sus restos.

El actual edificio comenzó su construcción en 1226 bajo el mandato de Enrique I, duque de Brabante, su estilo arquitectónico corresponde con el gótico tardío o brabantino. Su construcción se demoro casi 300 años. Se finalizo con la terminación de las dos torres del frontispicio en el siglo XVI fueron diseñadas por Van der Eycken y Van Ruysbroeck bajo el mandato de Carlos V . Sobre la portada central se encuentra la vidriera del Juicio Final, realizada en 1528 representa a Cristo esperando a las almas que se salvan. Dispone de una amplia gama de colores del estilo renacentista.

La historia de la Catedral gira ante lo que se llamo: “El Sacrement du Miracle” En 1370, la comunidad judía de Bruselas, fue acusada de la profanación del Santísimo Sacramento y fueron castigados por este acto. Para documentar su culpabilidad se alegó que el Viernes Santo del año 1370 los judíos utilizaron dagas de apuñalar las hostias de de la comunión que habían sido robados de una capilla. Se dice que la sangre broto de estas hostias.

La culpabilidad de los judíos nunca se llego a probar. Por el contrario, nunca ha sido demostrado que la iglesia fuera profanada. La Creencia en el supuesto milagro fue la única justificación para la ejecución de los judíos Para los fieles el "milagro" sirvió como un signo material y la prueba de la presencia real de Cristo en la Eucaristía. "Milagros Eucarísticos" relacionados con la presunta culpabilidad de los judíos se produjeron en otros lugares durante la Edad Media. Las huellas pudieran ser de moho de color rojo en santa obleas y se han tomado como rastros de sangre, la sangre de Cristo.