La iglesia se levanto para contener los restos de San Aignan, fue uno de los primeros obispos de Orleans. La historia cuenta que en 451, Aignan salvó la ciudad del asedio de Atila, rey de los Hunos. En el siglo VI, se construyó una pequeña basilica que luego sirvió como cuerpo central para la actual iglesia comenzada por Carlos VII y fue terminada por Luis XII, fue reconstruida después de la Revolución francesa. La Cripta permanece intacta junto con el martirio, con un capitel del siglo XI.